Автор более 350 научных работ, в том числе 13 монографий, по праву считается одним из пионеров введения в клиническую практику прижизненного морфологического исследования печени.

С.Д. Подымовой установлены особенности клиники, морфогенеза и эволюции хронических заболеваний печени, что способствовало четкому разграничению хронических гепатитов и циррозов. Впервые были выделены как нозологические единицы жировой и пигментный гепатозы. Эти исследования получили свое отражение в монографии «Хронический гепатит», опубликованной издательством «Медицина» в 1975 г.

С.Д. Подымовой и ее учениками проведены основополагающие исследования иммунного патогенеза хронических заболеваний печени. Продолжено изучение патогенеза, диагностики, факторов прогрессирования неалкогольного стеатогепатита, а также клиники и лечения  внутрипеченочного холестаза.

Профессор С.Д. Подымова — автор фундаментального руководства для врачей «Болезни печени» (первое издание выпущено издательством «Медицина» в 1984 г., второе, третье и четвертое, переработанные и дополненные, соответственно в 1993, 1998 и 2005 гг.).

Научные труды С.Д. Подымовой и ее учеников в области гепатологии нашли признание научной общественности в России и за рубежом.

В 1990 г. Светлана Дмитриевна удостоена премии им. В.X. Василенко Академии медицинских наук за цикл работ, посвященных изучению патогенеза, диагностики, клинических особенностей и лечения хронических заболеваний печени